Οι πρώτες κατατακτήριες του Ιαπωνικού Grand Prix στο Motegi είχαν κάποια μεγάλα ονόματα που δεν κατάφεραν να περάσουν απευθείας στις δεύτερες κατατακτήριες και ήταν αυτοί οι αναβάτες που βρέθηκαν στις 2 πρώτες θέσεις μετά τα πρώτα περάσματα, με τον Marc Marquez να οδηγεί τον Fabio Quartararo. 

Οι δύο τους μάλιστα βελτίωσαν το χρόνο τους στις επόμενες προσπάθειές τους, όμως 2 λεπτά πριν το τέλος o Raul Fernandez, ο οποίος είχε αρχίσει να ανεβάζει το ρυθμό του τα τελευταία πέντε λεπτά, κατέφερε να περάσει στη 2η θέση, αφήνοντας τον Quartararo εκτός. 

Ο Γάλλος προσπάθησε να απαντήσει αλλά δεν τα κατάφερε και θα ξεκινήσει τους αγώνες της Ιαπωνίας από τη 14η θέση, ενώ κοντά έφτασε και ο Joan Mir, ο οποίος όμως έχασε χρόνο στο τελευταίο κομμάτι και στην επόμενη προσπάθειά του είχε μια πτώση, τελειώνοντας έτσι τις ελπίδες του για την πρόκριση.

Οι δεύτερες κατατακτήριες ξεκίνησαν με μια πτώση του Marco Bezzecchi στη 12η στροφή, ευτυχώς χωρίς ο αναβάτης να τραυματιστεί. Μόλις οι αναβάτες ολοκλήρωσαν τα πρώτα περάσματά τους ήταν ο Jorge Martin που βρέθηκε στην προσωρινή Pole Position. Μάλιστα στην επόμενη προσπάθειά του, ο Iσπανός έκανε νέο απόλυτο ρεκόρ γύρου, φτάνοντας στο 1:43.198 και κατεβάζοντας 3 δέκατα το χθεσινό ρεκόρ του Brad Binder. 

Κανείς δεν κατάφερε να απαντήσει στα επόμενα λεπτά, με τον Martin να κλειδώνει άνετα την pole position. Μαζί του στην πρώτη σειρά της εκκίνησης θα βρεθούν οι Francesco Bagnaia και Jack Miller. Από τη δεύτερη σειρά θα εκκινήσουν οι Marco Bezzecchi, Brad Binder και Fabio Di Giannantonio, ενώ πίσω τους θα βρεθούν οι Marc Marquez, Maverick Viñales και Aleix Espargaro. 

Tέλος, από την 4η σειρά θα εκκινήσουν οι Johann Zarco, Raul Fernandez και Pol Espargaro.