Οι χειμερινές δοκιμές, πριν την έναρξη του Πρωταθλήματος του 2009 μαρτυρούσαν ότι το πρωτότυπο της τελευταίας γενιάς GSV-R ήταν ικανό και γρήγορο, δυστυχώς όμως για τον Loris Capirossi η μοτοσυκλέτα αποδείχτηκε μέτρια.

Ο πρώτος αγώνας στο Qatar, χαρακτηρίστηκε από πτώση, ενώ ο Ιταλός απεγνωσμένα προσπαθούσε ολόκληρη τη χρονιά να επιτύχει το 100ο βάθρο της καριέρας του. Ο καλύτερος φετινός τερματισμός του πάντως, πραγματοποιήθηκε στο Mugello, με μια πέμπτη θέση. Ο Capirossi πάλεψε πολύ σκληρά στον αγώνα της Τοσκάνης έχοντας πάρει την τρίτη θέση στη σειρά εκκίνησης. Στον αγώνα τερμάτισε μόλις 3,2 δευτερόλεπτα πίσω από το νικητήτ του αγώνα, Casey Stoner, γεμίζοντας έτσι με χαμόγελα αισιοδοξίας τους ανθρώπους της Rizla Suzuki, σχετικά με τις ικανότητες της μοτοσυκλέτας τους.

Αυτό το αποτέλεσμα επαναλήφθηκε στον αγώνα της Catalunya, όπου ο Capirossi κατάφερε να συγκρατήσει πίσω του τον Dani Pedrosa. Δυστυχώς, στον αγώνα της Laguna Seca, ο Loris είχε μια ακόμα πτώση. Κατά την εξέλιξη της αγωνιστικής σεζόν, ο Ιταλός πήρε ακόμα δύο πέμπτες θέσεις: Στο Brno, όπου πάλεψε με τους Toni Elías και Andrea Dovizioso για μια θέση στο βάθρο και στο San Marino όπου ενεπλάκη στη μάχη της κορυφής.

Παρόλα αυτά, στον αγώνα του Estoril ο Capirossi σημείωσε νέα πτώση, οδηγούμενος σε εγκατάλειψη, ενώ στο Phillip Island αναγκάστηκε να ξεκινήσει από το τέλος του grid, έχοντας ξεπεράσει τον επιτρεπόμενο αριθμό κινητήρων. Η μέτρια αυτή χρονιά ολοκληρώθηκε με μια ένατη θέση στην τελική κατάταξη, που αφενός δεν αντιπροσωπεύει τις ικανότητες του πολύπειρου Ιταλού, αφετέρου δεν τον ικανοποιεί.

Για το 2010, ο Capirossi θα βρεθεί δίπλα στον rookie Alvaro Bautista, στην ομάδα της Rizla Suzuki, ελπίζοντας ότι θα κλείσει την καριέρα του με μια χρονιά βάθρων και επιτυχιών.